Футбольный клуб «Карабах» был создан 1950 году.  После того как в 1951году было завершено строительство Агдамского городского стадиона начались серьёзные работы над формированием этой любительской футбольной команды , как спортивный комплекс.После того как был создан «Карабах» , выступавшей под названием «Мехсул», в первые в 1966 году принял участие в чемпионате Азербайджана. В том году в чемпионате клуб занял 4-е место. 4 года подряд « Карабах» принимал участие в первенстве страны. За эти годы самый лучший результат – 2-е место команда получила в 1968 году. Но после 1968 года  команда долгое время не участвовала на чемпионатах . В 1977 году команда была снова рождена под названием «Шафаг». В 1982 году «Шафаг» был единственным представителем Агдамского футбола.

 

           С 1982 до 1987 года команда команда выступала под названием « Кооператив» . «Карабах» в первые 1988 году был удостоен званию чемпиона Азербайджана. В 1991 году был создан независимый футбольный чемпионат Азербайджана. «Карабах» единственная команда которая принимала участие во всех 12 сезонах которые проводились до сих пор. Естественно, что у команды были и трудные времена. В 1993 году после того как город Агдам был захвачен армянами , у клуба появились финансовые проблемы. Именно по этому 1998- 2001 годах команда показала самый низкий результат среди сильнейших команд . В результате финансовых проблем ведущие игроки « Карабах»а стали покидать команду. Все эти проблемы были решены в 2001 году после того как один из крупнейших холдинговых компании Азербайджана « Азерсун » стал спонсировать команду . Все те игроки которые ранее покинули команду вернулись в « Карабах».

            С тех пор команда называется « Карабах- Азерсун» . Не смотря на то что в 2001 году «Карабах- Азерсун» заняла 9-е место в чемпионате страны , велись очень серьёзные подготовки к следующему сезону и перед командой было поставлена задача завоевание лучших мест. Но из за произошедших изменений 2002-2003 году чемпионат был остановлен и команда не смогла достичь своей цели. 2003 году произошли изменение в структуре «Карабах- Азерсун» а и вице- президентом команды был назначен Тахир Гоозал . После его прихода в истории « Карабах»а открылась новая страница . 2002-2003 году «Карабах» снова получил место среди призёров чемпионата Азербайджана и получил бронзовую медаль. 2004-2005 году «Карабах» ещё решительнее начал сезон. Связи с этим, глава команды назначил на пост главного тренера нашего соотечественника Игоря Понамарёва , который живет в Швеции. За короткое время были привлечены в команду самые лучшие игроки страны. Надо заметит то что , благодаря Тахиру Гоозалу , 2004 году историческое имя команды-«Карабах» был восстановлено. Кроме этого Тахир Гоозал приготовил новый логотип для команды ,на котором изображены символы «Карабах»а –лошади. Этот символ был изготовлен английскими дизайнерами. Как и всегда, «Карабах» и в этом году будет сражаться за первенство.

«Карабах» был дважды чемпионом независимого Азербайджанского футбольного чемпионата . В первые команда была удостоена этой звании в 1993 году во втором национальном чемпионате. А второе чемпионства команда завоевала 3 года спустя, в 1996-ом году. Кроме этого клуб в 1993-1994 году занял 2-е, а в 2003-2004 сезоне 3-е место.Кроме этого клуб дважды был обладателем кубка страны.